Direktorat Jenderal Lahan dan Irigasi Pertanian terdiri atas:

a. Sekretariat Direktorat Jenderal;

Sekretariat Direktorat Jenderal terdiri atas Sekretaris (Setingkat Eselon 2); Bagian Umum; Kelompok Substansi Perencanaan; Kelompok Substansi Keuangan, Kelompok Substansi Hukum dan Hubungan Masyarakat; Kelompok Substansi Evaluasi, Pelaporan dan Tindak Lanjut Hasil Pemeriksaan (TLHP).

b. Direktorat Pemetaan Lahan dan Irigasi Pertanian;

Direktorat Pemetaan Lahan dan Irigasi Pertanian terdiri atas Direktur (Setingkat Eselon 2); Subbagian Tata Usaha; Kelompok Substansi Pemetaan Lahan Pertanian; Kelompok Substansi Pemetaan Irigasi dan Sumber Air Pertanian; Kelompok Substansi Penyajian Informasi Geospasial.

c. Direktorat Pelindungan dan Optimasi Lahan;

Direktorat Pelindungan dan Optimasi Lahan terdiri atas Direktur (Setingkat Eselon 2); Subbagian Tata Usaha; Kelompok Substansi Perancangan Teknis Pelindungan dan Optimasi Lahan; Kelompok Substansi Rehabilitasi, Konservasi dan Kesehatan Lahan; Kelompok Substansi Pelindungan Lahan dan Pengendalian Alih Fungsi Lahan; Kelompok Substansi Optimasi Lahan.

d. Direktorat Penyediaan Lahan;

Direktorat Penyediaan Lahan terdiri atas Direktur (Setingkat Eselon 2); Subbagian Tata Usaha; Kelompok Substansi Perluasan Lahan Wilayah I; Kelompok Substansi Peluasan Lahan Wilayah II; Kelompok Substansi Pendayagunaan Lahan.

e. Direktorat Irigasi Pertanian; dan

Direktorat Irigasi Pertanian terdiri atas Direktur (Setingkat Eselon 2); Subbagian Tata Usaha; Kelompok Substansi Perancangan Teknis Irigasi Pertanian; Kelompok Substansi Pengembangan Irigasi Tersier; Kelompok Substansi Kelembagaan Petani Pemakai Air.

f. Direktorat Konservasi dan Pengembangan Sumber Air Pertanian. 

Direktorat Konservasi dan Pengembangan Sumber Air Pertanian terdiri atas Direktur (Setingkat Eselon 2); Subbagian Tata Usaha; Kelompok Substansi Perancangan Teknis Konservasi dan Pengembangan Sumber Air Pertanian; Kelompok Substansi Konservasi Air; Kelompok Substansi Pengembangan Sumber Air Pertanian.

g. Balai Pengelolaan Lahan dan Irigasi Pertanian (BPLIP) 

Balai Pengelolaan Lahan dan Irigasi Pertanian (BPLIP) terdiri atas BPLIP Kelas 1 dan BPLIP Kelas 2. BPLIP Kelas 1 meliputi BPLIP Kelas 1 Medan, BPLIP Kelas 1 Palembang, BPLIP Kelas 1 Bandung, BPLIP Kelas 1 Makassar, dan BPLIP Kelas 1 Jayapura. Sedangkan BPLIP Kelas 2 meliputi BPLIP Kelas 2 Mataram dan BPLIP Kelas 2 Banjarbaru.

Struktur Balai Pengelolaan Lahan dan Irigasi Pertanian (BPLIP) terdiri atas Kepala Balai (Setingkat Eselon 3), Subbagian Tata Usaha; Tim Kerja Program dan Evaluasi; Tim Kerja Pengelolaan Lahan; dan Tim Kerja Pengelolaan Irigasi, Konservasi, dan Pengembangan Sumber Air Pertanian.