Direktorat Jenderal Lahan dan Irigasi Pertanian terdiri atas:
a. Sekretariat Direktorat Jenderal;
b. Direktorat Pemetaan Lahan dan Irigasi Pertanian;
c. Direktorat Pelindungan dan Optimasi Lahan;
d. Direktorat Penyediaan Lahan;
e. Direktorat Irigasi Pertanian; dan
f. Direktorat Konservasi dan Pengembangan Sumber Air Pertanian.